Dune: War for Arrakis é um jogo de estratégia assimétrico ambientado no deserto implacável de Arrakis, um planeta aparentemente estéril, mas que contém o recurso mais importante da galáxia: a Especiaria. Sem a Especiaria, a viagem espacial se torna impossível, e a humanidade fica confinada em pequenos aglomerados de planetas isolados. A Casa nobre que controla Arrakis e a produção de Especiaria detém um imenso poder.

O Imperador inicialmente entregou Arrakis à Casa Atreides, mas depois conspirou para substituí-los por seus rivais, a Casa Harkonnen. Após um ataque traiçoeiro, o Barão Harkonnen derrotou os Atreides e agora governa o planeta com punho de ferro. No entanto, Paul e Jessica, herdeiros dos Atreides, estão vivos e organizando uma rebelião com a ajuda dos temíveis Fremen, os misteriosos habitantes das vastas regiões desertas de Arrakis.

No jogo, os jogadores lutarão pelo controle de Arrakis, comandando tropas como os Fremen, os Fedaykin e os temíveis Sardaukar, enquanto enviam colhedores de Especiaria para as profundezas do deserto, desafiando os gigantescos Vermes da Areia. O sistema de dados de ação e os numerosos eventos garantem que cada partida possa recontar a saga de Duna de maneira única. Apenas uma Casa emergirá vitoriosa nessa luta, enquanto a outra será perdida nas areias do deserto.